ในการเปิดภาคการศึกษาที่ 2 ปีการศึกษา 2564 นั้น จะมีช่วงกำหนดเวลาที่แตกต่างกันตามความเหมาะสมของแต่ละวิทยาเขต โดยที่วิทยาเขตหาดใหญ่ สุราษฎร์ธานี และวิทยาเขตตรัง จะเปิดพร้อมกันในวันที่ 7 ธันวาคม วิทยาเขตปัตตานีจะเปิดในวันที่ 29 พฤศจิกายน ส่วนวิทยาเขตภูเก็ตซึ่งเป็นวิทยาเขตนานาชาติ ที่มีการจัดการเรียนการสอนต่างจากวิทยาเขตอื่น มีการปิด-เปิดภาคการศึกษาที่ต่างจากอีก 4 วิทยาเขต โดยจะเปิดภาคการศึกษาที่สองในวันที่ 4 มกราคม 2565 นอกจากนั้นแต่ละวิทยาเขตยังมีกำหนดการเดินทางไปยังวิทยาเขตเพื่อเตรียมความพร้อมและการเข้าพักในหอพักที่แตกต่างกัน ซึ่งนักศึกษาสามารถสอบถามได้ที่วิทยาเขตที่จะเข้าศึกษา
อย่างไรก็ตาม สิ่งที่เหมือนกันคือการที่ต้องมีการปฏิบัติตามมาตรการด้านสาธารณสุขและตามข้อเสนอแนะของแพทย์ด้านระบาดวิทยาอย่างเคร่งครัดรวมถึงไม่มีการจัดกิจกรรมร่วมกัน จะมีการแบ่งกลุ่มนักศึกษาให้เข้ามาเรียนเป็นรอบ นักศึกษาทุกคนจะต้องได้รับวัคซีนก่อนเปิดภาคการศึกษา โดยจะมี 2 ทางเลือกให้นักศึกษา ทางแรกโดยช่องทางหลักของประเทศคือให้ทุกคนที่มีอายุ 18 ปีขึ้นไป ลงทะเบียนเข้ารับการฉีดวัคซีนที่จังหวัดของตนโดยผ่านสาธารณสุขจังหวัดซึ่งตั้งแต่ปลายเดือนตุลาคมจะมีวัคซีนเข้ามาในประเทศจำนวนมาก แต่มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ก็ได้มีการจัดเตรียมวัคซีนซิโนฟาร์มไว้โดยเน้นการให้บริการแก่นักศึกษาโดยเฉพาะผู้ที่จะต้องไปสหกิจศึกษา ผู้ที่จะต้องเข้ามาเรียนในระบบห้องเรียนกลุ่มแรก และผู้ที่กำลังจะสำเร็จการศึกษาในภาคการศึกษานี้ ซึ่งขณะนี้ได้กระจายไปยังวิทยาเขตต่างๆ แล้วโดยสามารถลงทะเบียนได้ในแต่ละวิทยาเขต แต่สามารถเข้าฉีดได้ในวิทยาเขตที่ใกล้ภูมิลำเนาที่สุด และเพื่อทดแทนส่วนที่ขาดหายไปจากการเรียนแบบออนไลน์ หลายวิทยาเขตได้มีการเน้นการฝึกอบรมเพื่อเพิ่มทักษะด้านต่างๆ ซึ่งในระบบออนไลน์ไม่สามารถทำได้ให้กับนักศึกษา
นอกจากในเรื่องการศึกษาแล้ว ยังมีการระมัดระวังเรื่องการใช้ชีวิตประจำวัน การแจ้งข้อมูลเข้าในระบบของมหาวิทยาลัย เช่น ข้อมูลการฉีดวัคซีน การวัดอุณหภูมิ การตรวจ ATK ช่องทางติดต่อ มีมาตรการการดูแลรักษาความปลอดภัยด้านที่พัก มีการจัดโซนนิ่งการพัก รักษาระยะห่าง มีมาตรการคัดกรองการทำความสะอาด มีการซักซ้อมและกำหนดข้อปฏิบัติเมื่อเกิดกรณีฉุกเฉินเร่งด่วน พร้อมทั้งมีการฉีดวัคซีนให้แก่ผู้ที่นักศึกษาจะเกี่ยวข้องในชีวิตประจำวัน เช่น ผู้จำหน่ายอาหารในโรงอาหาร เป็นต้น
มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ให้ความสำคัญสูงสุดกับความปลอดภัยของนักศึกษา บุคลากร และผู้เกี่ยวข้องทุกคน ที่สำคัญคือการที่ต้องรับผิดชอบต่อสังคมร่วมกัน และที่ตั้งของมหาวิทยาลัยจะต้องไม่เป็นสถานที่แพร่เชื้อหรือเป็นพื้นที่เสี่ยง แต่ถึงแม้สถานการณ์การระบาดของโรคจะทำให้หลายอย่างเปลี่ยนไป แต่เจตนารมณ์และความมุ่งมั่นของมหาวิทยาลัยที่ไม่เปลี่ยนแปลง โดยเรามุ่งพัฒนาทรัพยากรมนุษย์หรือบัณฑิตให้มีคุณภาพ มีทักษะที่พึงประสงค์ มีความรู้ที่ผสมผสานทั้งภาคทฤษฎีและการปฏิบัติ สามารถออกไปแข่งขันในโลกแห่งอนาคตได้ การมีความรู้เป็นเพียงส่วนหนึ่งแต่ที่สำคัญคือการนำไปสร้างสรรค์ คิดวิเคราะห์ให้เกิดนวัตกรรม และมีทักษะในการทำงาน