เนื้อมังคุด มีสารกลุ่มแคททีซินและฟลาวนอยด์ ซึ่งมีฤิทธิ์ในการต้านอนุมูลอิสระ โดยในปัจจุบันมีการนำเนื้อมังคุดมาสกัดเป็นน้ำมังคุดเข้มข้น เพื่อเป็นใช้เป็นเครื่องดื่มเพื่อสุขภาพโดยเน้นประโยชน์จากสารต้านอนุมูลอิสระเป็นหลัก นอกจากนี้ในเนื้อมังคุดยังมีกากใยสูง ช่วยเรื่องการขับถ่าย และมีวิตามินเกลือแร่สูงมาก ได้แก่ กรดอินทรีย์ แคลเซียม ฟอสฟอรัส ฯลฯ